Монгольская эпоха
После батыева нашествия русское монашество наряду со всем народом понесло колоссальные потери. Большинство монастырей домонгольской Руси располагались в крупных городах или неподалёку от них, что сделало их добычей захватчиков и стало причиной их разгрома и разорения, повсеместно сопровождавшегося почти полным истреблением насельников. Однако наиболее драматически на дальнейшем состоянии монашеской жизни сказалась не только гибель тысяч русских иноков, но и то, что по этой причине оказалась прерванной внутренняя связь поколений. Почти на столетие были потеряны не только важнейшие навыки аскетической практики, но и преданы забвению сами принципы, лежавшие в основе монашества как особого феномена духовной жизни. Сама эпоха мало располагала к монашеской жизни: большинство монастырей лежало в развалинах, при том, что в любой момент можно было ожидать набега ордынцев, и как следствие, нового разорения обители, гибели или угона в ордынское рабство её насельников. Сведений о русских монастырях и монашествующих 2-й половины XIII — 1-й половины XIV века сохранилось ничтожно мало. Можно утверждать, что в это время на Руси почти исчезли общежительные монастыри, которые всегда являлись основой подвижнической жизни — школой, где новоначальный инок получал базовые понятия о монашестве, формировал основные навыки молитвенно-аскетической практики. В первое столетие после монгольского нашествия на Руси преобладали особножительные обители. Поскольку большинство из них были городскими или пригородными и к тому же являлись ктиторскими по своему характеру (княжескими или боярскими), обстановка в них мало способствовала аскетическим подвигам. Такие монастыри в большей степени рассматривались как родовые некрополи и места, где богатые постриженники могли тихо и мирно провести старость, встретить кончину и в дальнейшем получить место постоянной заупокойной молитвы. Помимо ктиторских, в данную эпоху существовали небольшие особножительные монастыри, которые возникали вокруг приходских храмов, когда рядом с ним строили свои кельи отдельные иноки. Со временем такая стихийно возникшая обитель упорядочивала свою деятельность и начинала принимать черты монастыря. Обитель могла быть «оптиной», то есть монастырём, где жили как женщины, так и мужчины. Это могло возникать в случае, если братия разорённого мужского монастыря находила приют в женской обители или наоборот. В условиях всеобщей разрухи это подчас была единственная возможность сохранить ту или иную монашескую общину при гибели монастыря.
Эрнест Лисснер. «Троице-Сергиева лавра» (1907)
Лишь в середине — второй половине XIV века начинается стремительное и масштабное возрождение русского монашества, которое стало возможным прежде всего благодаря активной и целенаправленной деятельности митрополита Алексия и исключительному по своей силе и глубине подвигу Сергия Радонежского. До половины XV века, за полтора столетия, было основано до 180 новых монастырей. Увеличению числа монастырей способствовали, с одной стороны, льготы, которыми пользовалось русское духовенство от татар, с другой — усиление религиозного чувства под влиянием недавних ужасов татарского нашествия. Особое значение получает Троицкий монастырь, основанный в середине XIV века Сергием Радонежским. Из него расходились по северу России иноки, которые основывали новые монастыри. В Твери было основано 11 монастырей, в Нижнем Новгороде — 4. Дионисий Суздальский (XIV в.) основал на берегу Волги Печерский монастырь, его ученик Евфимий — Спасо-Евфимиев, а Макарий Унженский, переходя с одного места на другое, основал в костромских пределах 3 монастыря. В Новгороде по-прежнему количество монастырей было больше, чем где-нибудь в другом месте; их строили владыки, иноки и простые люди. Во время защиты города от Дмитрия Донского новгородцы сожгли вокруг города 24 монастыря. Около Пскова возникло 12 новых обителей. На севере России в это время возникли монастыри Спасо-Прилуцкий близ Вологды, Кирилло-Белозерский (1397), Соловецкий (в 1430-х гг.) и т. д. В одних монастырях насчитывалось до 300 иноков, в других было 6, 5 и даже по 2 монаха. Малые монастыри, в основном, не были самостоятельны, но зависели от больших и управлялись их настоятелями.
В некоторых монастырях монахи и монахини жили вместе; иногда женские монастыри приписывались к мужским и управлялись игуменами. Общежительное устройство монастырей не было господствующим; в значительной их части каждый монах имел своё хозяйство, жил отдельно, и только для богослужения они сходились вместе. Таким характером отличались преимущественно северные небольшие монастыри, имевшие от 2 до 10 братий.