После распада СССР (1991—2018)
Возникшая после окончательного распада СССР (конец декабря 1991 года) особенность положения РПЦ — транснациональный характер её исключительной юрисдикции в пределах бывшего СССР (без Грузии и Армении): впервые за всю историю своего бытия Московский Патриархат начал полагать своей «канонической территорией» (термин был введён в оборот в 1989 году) территорию множества независимых государств (бывшего СССР).
В начале 1990-х годов в прессе звучали заявления о связях духовенства РПЦ с советскими органами политического сыска и шпионажа; заявлялось, что архивы изобличают степень активного вовлечения иерархов Московской патриархии в деятельность КГБ за рубежом.
Патриаршество Патриарха Алексия II характеризовалось значительным количественным ростом приходов, монастырей и епархий РПЦ, сохранением раскола на Украине, возрастанием роли РПЦ в общественно-политической жизни России и некоторых других стран бывшего СССР.
Значительным событием стало подписание 17 мая 2007 года Акта о каноническом общении между РПЦЗ и РПЦ, в соответствии с которым Русская Православная Церковь Заграницей становилась «неотъемлемой самоуправляемой частью Поместной Русской Православной Церкви».
27 января 2009 года Поместным Собором РПЦ на московский патриарший престол был избран митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев), по инициативе которого была проведена реформа административной структуры Московской Патриархии, в частности создан ряд новых синодальных учреждений (отделов), а Церковь стала более активно присутствовать в жизни общества. В 2012 году по благословению патриарха Кирилла в Государственной думе Российской Федерации была создана Межфракционная депутатская группа по защите христианских ценностей (по состоянию на 2017 год группа действовала).
В октябре 2011 года Священный синод утвердил реформу епархиального устройства, согласно которой производилось разделение некоторых епархий и учреждение митрополий, включающих две или более епархии с границами, которые перестали совпадать с границами субъектов Российской Федерации. Значительно возросло число епархий и епископов (прежде всего в России). Кроме Архиерейских соборов стали регулярно проводиться архиерейские совещания.
В 2010-е годы пределы «канонической территории», согласно новым редакциям Устава РПЦ, были расширены также и на Китайскую Народную Республику, Японию, Монголию. Как следствие, её административно-канонические подразделения (епархии, Митрополичьи округа, самоуправляемые церкви, а также две автономные церкви), находясь в разных странах, функционируют в весьма различных государственно-правовых, общественно-политических и конфессионально-культурных условиях.