Первый патриарший период (1589—1700)
Грамота Константинопольского собора об основании Московского патриархата, май 1590 года
В 1589 года московские митрополиты получили достоинство патриархов и признание автокефалии от патриарха Иеремии II и остальных восточных патриархов. Отличительной чертой управления Московской церкви по сравнению с прочими патриархатами было отсутствие при патриархе постоянно действующего собора епископов — синода, который к тому времени уже сложился как один из органов власти в прочих поместных церквях.
Часть православных митрополии Киевской, Галицкой и всея Руси, которая продолжала пребывать в юрисдикции Константинопольского патриархата на территории Речи Посполитой, в 1596 году заключила унию с папством (Брестская уния), что привело к возникновению Русской Униатской Церкви (лат. Ecclesia Ruthena unita) в Галиции, Волыни, Подолье, которые входили в состав Речи Посполитой, и последующему конфликту между униатами и православными.
Основным делом первого патриарха Московского Иова (1589—1605) стало проведение преобразований в Русской церкви, намеченных Соборным уложением 1589 года. Почти все епископские кафедры были повышены в ранге, открылось несколько новых. Иов возвёл в сан четырёх митрополитов, пятерых архиепископов (из шести) и одного епископа на семь задуманных новых епархий. Установил общецерковные праздники некоторым уже признанным ранее святым, канонизировал ряд новых. Патриарх способствовал распространению христианства среди инородцев Сибири, Казанского края, Корельской области. В Москве, в целях водворения большего благочиния в низшем духовенстве, было учреждено восемь поповских старост. За отказ признать Лжедмитрия I был лишён кафедры и сослан в Старицкий Успенский монастырь. Патриарший престол занял приспешник Лжедмитрия Игнатий (1605—1606), но сразу после убийства Лжедмитрия был лишён не только патриаршего, но и святительского сана.
Рисунок из альбома Мейерберга — австрийского посла в Московском государстве, «Празднование Входа Госпо́дня в Иерусали́м, что произошло 1654».
Изображён Кремль, царь ведёт коня, на котором сидит патриарх православной церкви, с обеих сторон ходы лежат ниц московские стрельцы.
Патриарх Гермоген (1606—1612) был выдающимся церковным писателем и проповедником, одним из образованнейших людей своего времени. При нём в Москве было возведено новое здание типографии, установлен печатный станок, печатались книги. Был активным противником поляков, за что заключён в Чудовом монастыре, где и умер от голода.
Наивысшей власти в государстве Московские патриархи достигли при патриархе Филарете (1619—1634), отце царя Михаила Федоровича. В 1625 году царь издал Несудимую грамоту, по которой суд над всеми церквами, монастырями и крестьянами на церковных и монастырских землях передавался патриарху, что превращало патриархат в status in statu. При Филарете было созвано два Земских собора (в 1619 и 1632 гг.), учреждена Тобольская и Сибирская архиепископия, открыта греческая школа для детей, развивалось книгопечатание. В 1619—1630 годах была подготовлена публикация капитального труда — 12-томника Миней месячных.
Преемником патриарха Филарета царь Михаил и его ближайшее окружение и сам Филарет, избравший своим преемником архимандрита Иоасафа, хотели бы видеть личность менее яркую и менее склонную к политической активности. При патриархе Иосифе (1642—1652) было издано наибольшее (по сравнению с прежними патриаршествами) количество книг — 38 наименований (некоторые из которых выдержали до восьми изданий). Патриарх поддерживал сближение с греческим Востоком и Киевом.
Василий Перов. Никита Пустосвят. Спор о вере. 1880—1881. («прения о вере» 5 июля 1682 года в Грановитой палате в присутствии царевны Софьи)
С 1653 года Патриархом Никоном при поддержке царя Алексея Михайловича, было осуществлено исправление богослужебных книг и иные меры по унификации московской богослужебной практики с греческой. Реформа Патриарха Никона не была принята частью Церкви, вследствие чего произошёл раскол, и возникло старообрядчество. Последние годы патриаршества Никона были ознаменованы конфликтом с царём, приведшим к низложению патриарха в декабре 1666 года.
В патриаршество Иоасафа II (1667—1672) состоялся Большой Московский собор русского и восточного духовенства, проклявший старообрядцев, одновременно предавая их государственному уголовному преследованию. Иоасаф II предпринимал усилия по проведению в жизнь запретов, введённых Московским собором. Вместе с тем, Иоасафу II не хватило энергии для выполнения ряда важнейших решений Московского двора: осталась нереализованной рекомендация собора о повсеместном заведении училищ (школ) и учреждении в России новых епархий (утверждена только одна — Белгородская). Борясь с проникновением западно-европейской манеры в русскую иконопись, патриарх стремился узаконить византийский стиль. При Иоасафе II были возобновлены проповеди в церквах. По его инициативе православные миссионеры действовали на Крайнем Севере (до островов Новой Земли), Дальнем Востоке (до Даурии). На Амуре, недалеко от границы с Цинской империей (Китаем).
Содержанием деятельности патриарха Иоакима (1674—1690) было отстаивание старины, престижа церкви и духовенства. Важнейшим событием его патриаршества было переподчинение в ноябре 1685 года Московскому патриархату части Киевской митрополии (Киевская и Черниговская епархии), которая до того находилась в юрисдикции Константинопольского престола: в 1686 году Константинопольский Патриарх Дионисий с согласия других Восточных Патриархов, послал грамоту, утверждающую постановление митрополита Гедеона Четвертинского во главе Киевской митрополии, присоединённой к Московскому Патриархату; преемники Гедеона Четвертинского, которого на Киевскую митрополию де-факто избрала казацкая старшина во главе с гетманом Самойловичем, канонически подчинялись Московскому Патриархату. Стойким противником переподчинения Киевской митрополии был принимавший деятельное участие в русских делах Иерусалимский Патриарх Досифей II (Нотара), считавший такое переподчинение противным канонам. За Гедеоном Четвертинским сохранялся титул «митрополит Киевский, Галицкий и всея Руси», а также право преднесения Креста в своей епархии и иные привилегии; Киевская кафедра была признана первоначальною в России. Вскоре, однако, митрополит Гедеон стал терять данные ему в Москве привилегии: в январе 1688 года у него было отнято право титуловаться митрополитом «всея Руси» (дозволено именоваться «митрополитом Киевским, Галицким и Малыя России»), а в июле из его ведения были изъяты Черниговская епархия и Киево-Печерская лавра, чем был подорван его престиж.
Пять первых патриархов Русской Церкви
(лубок второй половины XIX века)
При Иоакиме неудачей закончилась повторная попытка царя на Соборе 1682 года увеличить количество епархий и ввести митрополичьи округа.
Другим важным событием в патриаршество Иоакима было учреждение Московской Славяно-Греко-Латинской академии в 1685 году.
Последний патриарх досинодального периода Адриан (1690—1700) был консерватором и противником реформ царя Петра I. При нём прошло два собора: в 1697 году и в 1698 году.