Святитель Исаия родился недалеко от Киева в семье благочестивых родителей и был воспитан в православной вере. В юные годы он оставил суетность мира и пришел в Киево-Печерский монастырь, где был пострижен преподобным Феодосием в монашество. Испытывая горячую любовь к Спасителю, молодой инок жил в строгих и суровых подвигах поста и молитвы. При этом он был кроток, смиренен, послушлив, нестяжателен, братолюбив, воздержанием и терпением умерщвлял плотские страсти. И благодаря добродетелям мудрости, духовного мужества и целомудрия, помня слова древнего старца: «Крепость в человеке зависит не от природы человека, которая подвержена переменам, но от решительного намерения, укрепленного помощью Божией», он постоянно духом возносился к горнему Иерусалиму.

Слава о подвигах юного Исаии скоро распространилась за пределы обители. И когда скончался Варлаам, первый игумен монастыря, построенного на княжеском дворе во имя св. великомученика Димитрия, то Киевский великий князь Изяслав Ярославич просил себе, как великий дар, у блаженного Феодосия Исаию в настоятели обители. И в 1065 году, по благословению преподобного Феодосия, святой Исаия был возведен в игумены. Блаженный, приняв этот высокий сан, был благоискусным для братии наставником и добрым пастырем словесного стада. Став игуменом, он помышляя всегда о Господе, продолжал пребывать в смирении, молитвенном и телесном труде. Видя у себя в монастыре такого святого мужа, князь Изяслав радовался духом и благодарил Господа и преподобного Феодосия, благословившего Исаию на игуменство в монастыре св. Димитрия. Преподобный Исаия, как преуспевший в благочестии и исполненный Божественной благодати, принимал участие в 1078 году в соборной молитве Печерских старцев о прельщенном бесом подвижнике Никите (впоследствии епископе Новгородском). Но для великого светильника после подвига настоятельства в обители, и после десятилетнего игуменства предстояло апостольское служение. В том же 1078 году после смерти святителя Леонтия, епископа Ростовского, святой Исаия был возведен на Ростовскую епископскую кафедру. В то время Ростовская епархия занимала обширное пространство. В нее входили Ярославская, Владимирская, Нижегородская, Костромская, Вологодская и частично Московская, Тверская, Олонецкая земли. Языческие народы этого края были подвержены множеству суеверий, кровавых обычаев, гаданий и чародейств. Много потрудился добрый пастырь Леонтий для просвещения области Ростовской, но еще много нашел там язычников доблестный его преемник. Поэтому святитель Исаия, сказано в древнем житии его, «найдя людей новопросвещенных, еще не утвердившихся в вере, усердно напоял их учением своим». Он с миссией апостольской проповеди о Христе Иисусе обходил Ростово-Ярославские пределы, всюду «идольскую лесть попаляя» и бесстрашно сжигая языческих кумиров. Елицы во Христа крестистеся, во Христа облекостеся (Гал.3,27), – произносил святитель, умоляя христоименитое стадо свое быть крепким в вере и в жизни подражать Христу.

В одной стихире прекрасно выражен дух служения св. Исаии: «Что тя наречем, святителю? Ангела, яко безплотен на земли пожил еси, апостола, яко научил еси благоверию российския концы, мученика же, яко Христа ради до смерти подвизался еси, обращая люди от тьмы нечестия и приводя их на пажить богоразумия».

Утешением святителя Исаии было участие в его служении великого князя Владимира Мономаха. На средства великого князя был построен в Ростове Великом собор в честь Успения Пресвятой Богородицы, в котором была поставлена чудотворная икона, написанная преподобным Алипием Киево-Печерским (память 17/30 августа). Святитель Христов Исаия с любовью относился к бедным, нищим и всем нуждавшимся. Господь прославлял Своего угодника, совершая через него многие знамения и чудеса.

При благочестивой державе великого князя киевского Всеволода Ярославича, когда настало время освящения великой соборной церкви Киево-Печерской обители, скорбен был митрополит Иоанн, что не успел собрать на торжество сие боголюбивых епископов по дальнему расстоянию их кафедр. Но благочестивое его желание исполнили Ангелы Божии, посылаемые на службу человекам для их спасения. И сему блаженному Исаии предстал в образе юношеском светлый Ангел и возвестил о дне освящения храма. Немедленно собрался в путь боголюбивый епископ и был участником духовного торжества, споспешествуемый силою свыше, для которой нет времени и пространства. Сам он, дивясь чудному своему странствию, поведал о том митрополиту всея Руси Иоанну, говоря, что не смел ослушаться повеления его и не прийти на освящение храма. Изумился первосвятитель сему таинственному зову, ибо никого не успел послать для приглашения епископов; дивное сие странствование было плодом послушания и ревности к церкви Божией. Три епископа: Исаия Ростовский, Лука Белгородский, Иоанн Черниговский – были сослужителями митрополита Иоанна при освящении «небеси подобной» церкви Успения Пресвятой Богородицы 14 августа 1089 года, и с радостью духовной возвратился Исаия к своей пастве, которая приняла его с великим торжеством, как присного отца своего.

Не более года после того пас свою паству Ростовскую святитель Исаия. Он скончался в мире в лето от Рождества Христова 1090, месяца мая 15 дня, после тринадцатилетнего епископства, посреди плача народного. И те же Ангелы, которые переносили его для освящения Печерской церкви, перенесли его душу в самые небеса в вечность.

В 1164 году святой благоверный князь Андрей Боголюбский заложил в Ростове Великом новый каменный храм вместо пострадавшего от пожара в 1160 году деревянного. При раскопке фундамента под южной стеной были обретены мощи святителя Исаии. Говорит древнее предание и летопись: «Нашли гроб блаженного Исаии, открыв его, увидели одежду и тело святителя нетленными и прославили Бога, Который благоволил прославить угодника Своего не только в жизни, но и по смерти; сколько лет прошло, а одежда и тело блаженного остались неприкосновенными для тления». Мощи святителя поставили тогда в церкви св. Иоанна, и так как каменный храм едва был окончен, как обрушился, то они перенесены в собор уже в 1231 году и положены с правой стороны в притворе.

Мощи св. Исаии в первый раз были обретены вместе с мощами св. Леонтия 23 мая 1164 года. И с того же времени, как видно из жития прп. Феодосия, «и тамо чтут его со святыми», народ чтил св. Исаию за святого.

Но с течением многих лет утратилась память о чудесах его, так что даже никогда не возжигали светильника над его гробом, никогда не приходил священник с фимиамом покадить над ним, ибо самый притвор всегда был заключен. Не подобало, однако, столь великому светильнику оставаться под спудом. По рукописному житию, «архиепископ соборной церкви, видя, что образ св. Исаии все почитают и поклоняются ему, а гроб его (в притворе собора) в небрежении, созывает 17 мая священников и касается чудоносного гроба пречудного отца – переносит его оттуда в 1474 году и полагает в новом гробе с честью, близ южных дверей, где и ныне он подает исцеление». Первым архиепископом Ростова был в 1390 году Феодор. И церковное почитание св. Исаии началось с 1474 года, со времени перенесения мощей в храм; к тому же времени относится и первое письменное изложение его жития. В 1722 году они были переложены в серебряную гробницу.

25 апреля 1920 года по постановлению X Ростовского уездного съезда советов, несмотря на протесты верующих, мощи св. Исаии вместе с мощами святителей Игнатия и Димитрия (Савича (Туптало)), прп. Авраамия Ростовского и прп. Евфросинии Полоцкой без облачений были выставлены в центре Успенского собора. Через неделю раки с мощами святых вернулись на свои места. Впоследствии мощи святителя находились в деревянной раке в закрытом Успенском соборе. В конце 80-х годов XX в. часть мощей была перевезена в Троице-Сергиеву лавру, часть передана Ярославскому и Ростовскому архиепископу Платону (Удовенко). В настоящее время честная глава св. Исаии хранится в Серапионовой палатке в лавре, а часть мощей почивает в ростовском Успенском соборе, в ковчеге, переданном 5 июня 1999 г. из епархиального управления Ярославским и Ростовским архиепископом Михеем (Хархаровым).

В «Иконописном подлиннике» приводится описание внешнего облика святого: «Иже во святых отец наш Исаия епископ, Ростовский чудотворец, подобием рус, брада аки Власиева, от ушей пошире, ризы святительския, саккос празеленый и омофор, на главе клобук белый, в руках Евангелие».