В миру Иоанн. Родился в Новгороде в конце XIV в., рано осиротел. Еще в детстве он получил предсказание о своем святительстве от блаженного Михаила Клопского († ок. 1453–1456 гг.; память 11/24 января), которое исполнилось через пятьдесят лет.

Достигнув совершенного возраста, Иоанн принял монашество в Отенской пустыни. За святую жизнь братия избрала его игуменом, а в 1458 г. новгородцы пожелали иметь Иону своим архиепископом. Для своих пасомых святитель был пастырем и отцом и особенно заботился святой о вдовах и сиротах. Пользуясь любовью и уважением сограждан, не раз ходатайствовал святитель о мятежных новгородцах перед московским великим князем, утоляя его гнев, удерживал Новгород от союза с Литвой.

Святитель много заботился и о духовном просвещении своей паствы, и о строительстве храмов, не забыл он и Отенской пустыни. Он оказал большую помощь и содействие устройству Соловецкого монастыря: преподобному Зосиме († 1478 г.; память 17/30 апреля) святитель Иона выдал грамоту, по которой вместе с мирскими властями отдавал во владение новой обители весь Соловецкий остров.

Архиепископ Иона почил о Господе 5 ноября 1470 г. Нетленные мощи святителя прославились многочисленными чудотворениями.