Преподобный Галактион родился в Москве в царствование Иоанна Васильевича Грозного (1533–1584 гг.). По своему происхождению он принадлежал к самому знатному боярскому роду: отцом его был князь Иоанн Иоаннович Бельский, потомок литовских князей. При Крещении отроку наречено было имя Гавриил. Отец его подвергся царской опале и был казнен, когда отроку было семь лет. Родственники отвезли его в город Старицу, и он проживал там, скрывая от всех свое происхождение, и Бог хранил его. Благочестивый отрок усердно посещал храм Божий, ревностно изучал Божественное писание, а пропитание добывал себе ремеслом сапожника. Достигнув совершеннолетия, он сочетался браком с девицей из простого звания, но супруга его вскоре умерла, оставив после себя новорожденную дочь. Видя в этом указание свыше, Гавриил решился посвятить себя Богу. Он отдал дочь свою на воспитание родным, возложил на себя тяжелые вериги и начал подвизаться в посте и молитвах. Городских жителей он упросил дать ему небольшой участок земли близ посада на реке Содиме, поставил там себе небольшую келлию и затворился в ней.

Вскоре он принял иноческий постриг и наречен был Галактионом. Не оставив своего ремесла, он шил сапоги и заработанные деньги делил на три части: церкви, нищим и себе на пропитание. Своими руками он ископал близ келлии пруд, обсадил его деревьями и развел в нем рыбу. Дни свои инок проводил в трудах, а ночи – в непрестанных молитвах и песнях духовных. Благодать Божия просветила разум его, воздержание и пост усмирили плоть, уединение и безмолвие развили смирение, наполнили сердце его радостью и весельем.

Жители города Вологды и окрестностей, узнав о дивном житии преподобного Галактиона, приходили, чтобы посмотреть на него, получить благословение, услышать слово назидания. А святой не довольствовался обычными иноческими подвигами: он приковал себя цепью к потолку своей малой хижины, так что не мог ни выйти куда-либо из своего затвора, ни лечь на пол; когда его одолевал сон, то он только преклонял колена и в таком положении, держась за цепь, на краткое время забывался дремотой. В редких случаях он покидал келлию, как, например, однажды во время великой засухи, грозившей голодом, когда Вологодский владыка послал за ним просить, чтобы преподобный помолился о даровании дождя в храме со всем народом. Господь услышал молитвы праведника и всего народа и послал сильный дождь, напоивший истомленную зноем землю.

Смутное время было тогда на земле русской: один за другим являлись самозванцы, а поляки и литовцы бродили по Руси и производили грабежи и насилия. Исполнившись дара прозрения, преподобный Галактион расковал свою цепь и в веригах явился в земскую избу, где собирался народ. Он советовал гражданам построить в один день на месте его подвигов храм во имя Пресвятой Богородицы и память чуда от иконы Знамения в Великом Новгороде, с верой в то, что Царица Небесная защитит город и избавит всех от нашествия иноплеменников. Однако жители Вологды не приняли благочестивого совета, а некоторые прямо обвинили святого в корысти – дескать, заботится он только о себе и ленится ходить в дальний храм. В ответ Галактион предсказал народу подробно о грядущих бедствиях, которые и произошли, когда вскоре, 22 сентября 1612 г., Божиим попущением на Вологду напали поляки и литовцы. Они сожгли храмы, многих предали смерти, многих взяли в плен, не пощадили и угодника Божия. Набросившись на него с бешенством, вытащили его вон из кельи, волоча, нещадно били, поносили бранными словами, кололи мечами, сбросили ему на голову бревно с крыши здания. Видя приближение своей кончины, святой молил Господа простить ему все прегрешения и избавить от воздушных мытарств. Измученный врагами, он преставился ко Господу с молитвой 24 сентября 1612 года. Благочестивые люди погребли его в келье, которую стали усердно посещать, так как Бог прославил чудесами Своего угодника. Над местом погребения стали совершаться чудесные исцеления.

Вскоре по просьбам граждан Вологды архиепископ Вологодский Варлаам (1627–1645) повелел написать житие святого, воздвигнуть храм в честь иконы Знамения Божией Матери на месте кельи его и собрать братию. При следующем архиепископе Маркелле (1645–1663) построен был соборный храм во имя Святого Духа, по имени храма и монастырь стал называться Свято-Духовым. Служба святому была составлена в 1717 году.