Разделение Киевской митрополии
В 1441 году митрополит Исидор по прибытии в Москву с Флорентийского Собора отслужил литургию, на которой помянул папу римского Евгения IV, а также зачитал документ об Унии. Сразу же после этого по приказу великого князя Василия II Тёмного он был взят под стражу, но впоследствии бежал. Великий князь приказал не преследовать Исидора. Созванный по этому поводу в 1441 году в Москве Собор епископов Восточной Руси (Великого княжества Московского и соседних с ним княжеств) осудил митрополита Исидора, как еретика и отступника, отвергнув Унию. Московский Собор 1448 г., созванный великим князем Василием, 15 декабря поставил на Русскую митрополию епископа Рязанского Иону без согласования с Константинопольским патриархом-униатом (Константинопольские патриарх и император находились в Унии до взятия турками Константинополя, до 29 мая 1453 года), с титулом «Митрополит Киевский и всея Руси».
15 декабря 1448 года Русская церковь с центром в Москве становится де-факто автокефальной. После захвата Константинополя турками и уничтожения в нём Унии, сношения между русскими и греками возобновились.
При заключении 31 августа 1449 года между Московским князем Василием и Польским королём Казимиром мирного договора, митрополит Иона ходатайствовал о том, чтобы русские православные епархии, находящиеся в Польше и Литве, были в его митрополии. 31 января 1451 года король Казимир частично исполнил просьбу митрополита и вручил тому «столецъ митрополичь Кіевскый и всея Руси, как первіе было по установленію и обычаю рускаго христіяньства» (имелись в виду православные епархии в Литве, но не в Галиции).
В 1458 году у митрополита Ионы под давлением Римского папы Калликста III польский король Казимир IV отнял русские епархии, находившееся в Литве, и поставил во главе их митрополита-униата Григория. Григорий в середине 1460-х вступил в сношения с православным патриархом в Константинополе, и грамотой от 14 февраля 1467 года патриарх Дионисий I предложил всем русским землям принять его как единственного законного митрополита, признанного Константинополем, что было категорически отвергнуто в Москве, где князь Иоанн Васильевич заявил о полном разрыве отношений с патриархией. Образовалось две митрополии: самопровозглашённая Московская и Киевская, которая оставалась частью Константинопольского патриархата. С 1448 по 1589 год Московская Церковь управлялась фактически независимыми Киевским, а затем Московскими и всея Руси митрополитами. Созванный митрополитом Ионой в конце 1459 года Собор московских епископов констатировал факт разделения Русской митрополии, Собор решил быть «неотступным от Святой Церкви Московской».
В 1478 году, вследствие присоединения Новгорода к Московскому княжеству, была окончательно ликвидирована юрисдикционная автономия Новгородской епархии.
Московская митрополия с 1470 по 1504 года была сотрясаема ересью жидовствующих, которую окончательно осудил Московский собор 1504 года. С конца XV век до половины XVI века не затихала борьба между нестяжателями и иосифлянами. Макарьевские соборы 1547 и 1549 годов провели канонизацию святых в Русской церкви и установили порядок канонизации святых по соборному решению епископов и благословению первого иерарха церкви. Большое значение в истории Русской церкви имел Стоглавый собор 1551 года. Ряд определений Стоглава, таких как о двоеперстии, о сугубой (двойной) аллилуйе стали предметом споров при проведении церковной реформы в XVII веке, а определение о «небритии брады» и «нестрижении усов» послужило к большему отчуждению старообрядцев при проведении реформ Петра I в начале XVIII века.
Начиная с правления Иоанна III, в Русском государстве начала формироваться религиозно-историософская и политическая идеология, согласно которой, вследствие политического падения Византии, единственным государственным оплотом вселенского православия становилась Москва, которая получала достоинство Третьего Рима. В несколько модифицированном виде эта идея была формально закреплена в Уложенной Грамоте 1589 года от имени «собора Великого Российского и Греческого царствиа» в составе архиереев Московской церкви с участием Константинопольского патриарха Иеремии II, решения которого были утверждены царём Феодором Иоанновичем. В Московской церкви в данный период формировался взгляд на русское благочестие как единственное во всём мире неповреждённое и спасительное учение Христа. Христиане иных исповедований не считались таковыми и подлежали перекрещиванию при присоединении к православию. В результате сформировалась специфически московская религиозность с особым упором на внешний ритуал, абсолютную неизменность богослужебных форм, а также то, что некоторые исследователи именуют «бытовым исповедничеством».