До 1941 года
Уже в декабре 1917 года ВЦИК (большевистское правительство) принял ряд актов, упразднявших функции Православной Церкви как государственного учреждения, пользующегося государственным покровительством.
20 января 1918 года газета «Правда» опубликовала 2 декрета: о прекращении выдачи средств на содержание церквей и священнослужителей (с 1 марта) и о упразднении военного духовенства.
23 января (ст. ст.) 1918 года был опубликован утверждённый 20 января СНК РСФСР Декрет Об отделении церкви от государства и школы от церкви, которым церковь была отделена от государства и от государственной школы, лишена прав юридического лица и собственности; религия стала исключительно частным делом граждан. Взявшие в России (РСФСР, позже СССР) власть большевики открыто провозглашала в качестве своей задачи содействовать «отмиранию религиозных предрассудков»; политические послания патриарха Тихона, которые в 1918 году распространялись в форме отпечатанных листовок, были восприняты властями как призывы к саботажу. До 1923 года священноначалие Патриаршей церкви в своих актах не сообразовывалось с положениями декрета об отделении, как и с иными «узаконениями» Совета народных комиссаров, неправомерными с церковной точки зрения.
Патриарх Тихон
Патриарх Тихон, осуждая братоубийственную гражданскую войну, после 1919 года стремился занимать нейтральную позицию в конфликте сторон, но для большевиков такая позиция была неприемлема. К тому же, большая часть иерархии и духовенства, находившаяся на территории, контролируемой «белыми», в связи с их поражением эмигрировала и создала за рубежом собственную церковную структуру — Русскую православную церковь заграницей.
Острый конфликт между структурами, возглавляемыми патриархом Тихоном, и властями разгорелся весной 1922 года во время кампании по изъятию церковных ценностей для закупки продовольствия за границей. Насильственная конфискация порой приводила к кровавым эксцессам. Патриарх Тихон был привлечён к уголовной ответственности за издание своего воззвания от 28 февраля. В Москве, Петрограде и других городах прошли судебные процессы по «церковникам» с вынесением суровых приговоров, включая высшую меру «социальной защиты» — расстрел.
Власти стремились ослабить Церковь также посредством стимулирования противоречий и раскольничьих групп. В мае 1922 года поддержку органов государственной власти получило обновленчество (q.v.), которое было официально признано органами государственной власти как «Православная российская церковь». На своём соборе в апреле 1923 года («Второй Поместный Всероссийский Собор») обновленцы приняли резолюцию в поддержку советского социалистического строя, осудили «контрреволюционное духовенство» (патриаршую церковь), а патриарха Тихона объявили низложенным.
В июле 1923 года Финляндская православная церковь вышла из юрисдикции Православной российской церкви и перешла под юрисдикцию Константинопольского патриархата.
С весны 1924 года, в патриаршество Вселенских патриархов Григория VII и Константина VII, Православная российская церковь (обновленцы) пользовалась признанием и поддержкой греческих церквей: Константинопольской и Александрийской, хотя ранее, в частности на Всеправославном совещании в Константинополе в 1923 году, выражалась поддержка Патриарха Тихона.
Согласно завещательному распоряжению Патриарха Тихона, после его кончины (25 марта (7 апреля) 1925 года), предстоятелем российского церковного управления Патриаршей церкви стал Патриарший Местоблюститель митрополит Крутицкий Петр (Полянский). С 10 декабря 1925 года фактическим главой церковного управления с титулом Заместителя Патриаршего Местоблюстителя был митрополит Нижегородский Сергий (Страгородский), который, как и его предшественники, предпринимал попытки нормализовать положение Российской Церкви в новом государстве.
29 июля 1927 года под давлением властей митрополит Сергий выступил с посланием, известным как «Декларация». Реакция на заявление митрополита Сергия в церковных кругах была крайне противоречивой. Зарубежный (Карловацкий) синод отверг и осудил её. Часть иерархов внутри страны, расценив поступок митрополита как предательство интересов Церкви, открыто объявила об отходе от него (см. Иосифляне (XX век)), часть прекратила поминовение митрополита Сергия (см. Непоминающие). Часть, не будучи солидарны с рядом положений Декларации, оценили её характер как вынужденный, сохранили доверие к Сергию как руководителю Церкви. Однако надежды митрополита и его сторонников в отношении властей не оправдались. Синод, возглавлявшийся Сергием, юридического признания не получил и в мае 1935 года вынужден был «самоликвидироваться», аресты духовенства и административное закрытие храмов возобновились с новой силой с 1929 года. Так, в 1937 года было закрыто более 8 тысяч храмов, де-факто ликвидировано 70 епархий и викариатств (формально они продолжили существовать до епархиального переустройства в 1943 году). В течение 1937—1938 НКВД повсеместно провёл массовые операции по арестам и расстрелам духовенства. По окончании этой спецоперации 16 апреля 1938 года Президиум Верховного Совета СССР постановил ликвидировать Комиссию Президиума ЦИК СССР по вопросам культов. Репрессии 1937—1938 года затронули и обновленцев. Если в начале 1938 года у них насчитывалось 49 правящих архиереев и 11 пребывающих на покое, то к лету 1941 года правящих обновленческих архиереев осталось 2, остальные выжившие находились на покое или в заключении.
К 1939 году церковная структура по всей стране была практически уничтожена; епархии как административные единицы фактически исчезли, большая часть духовенства истреблена физически или находилась в лагерях. Тем не менее, Сталину к тому же 1939 году стало ясно, что попытки решить поставленную задачу полного искоренения религии в СССР провалились. Часть исследователей полагают, что существование катакомбной Церкви в СССР было одной из важных, если не основной, причин, почему Патриаршему Местоблюстителю удалось сохранить к 1939 году несколько сот приходов и ужатое до минимума церковное управление. Ситуация серьёзно изменилась в сентябре 1939 года, когда в результате присоединения Союзом ССР восточных территорий Польши, а в 1940 году — Латвии, Литвы и Эстонии, на территории СССР оказалось свыше 7500 тысяч православных верующих Западной Украины, Белоруссии и стран Прибалтики, организованных в епархии и приходы, действующие монастыри, учебные заведения, редакции церковных газет и т. д. В это время произошло временное свёртывание антицерковных акций. Правительству оказалась нужна деятельность Московской Патриархии: «Сергий впервые с тех пор, как он возглавил Церковь, оказался в таком положении, что мог требовать уступок от правительства». Точной и достоверной статистики действовавших в канун Великой Отечественной войны храмов нет, но, по некоторым данным, их число перед началом войны составляло 3732 храма всех «ориентаций» (то есть включая обновленческие и униатские, и католические), из которых около 3 350 приходилось на западные недавно присоединённые республики, а количество священнослужителей, по данным ТАСС, — 5 665 из них порядка 90 % выпадало на Западную Украину и Белоруссию, Молдавию и Прибалтику.