Иса­а­ков­ская ико­на Рож­де­ства Пре­свя­той Бо­го­ро­ди­цы бы­ла яв­ле­на в 1659 го­ду непо­да­ле­ку от се­ла Иса­а­ки­ев­ско­го Яро­слав­ской епар­хии. Кре­стьяне, на­хо­див­ши­е­ся в то вре­мя в ле­су и уви­дев­шие об­раз в вет­вях ивы, хо­те­ли пе­ре­не­сти ико­ну в свое се­ло, но не смог­ли. То­гда они об­ра­ти­лись к свя­щен­ни­ку, и он, об­ла­чив­шись, в со­про­вож­де­нии прич­та и на­ро­да, со свя­щен­ны­ми хо­руг­вя­ми от­пра­вил­ся на ме­сто яв­ле­ния об­ра­за Бо­жи­ей Ма­те­ри. От ико­ны, на­хо­див­шей­ся в вет­вях ивы, ис­хо­дил необы­чай­ный свет, по­доб­ный сол­неч­но­му. По­сле мо­леб­но­го пе­ния свя­щен­ник бла­го­го­вей­но снял ико­ну с де­ре­ва и пе­ре­нес в се­ло Иса­а­ки­ев­ское в при­ход­ский храм. Од­на­ко на сле­ду­ю­щий день но­во­яв­лен­ной ико­ны в хра­ме не ока­за­лось. Она бы­ла на том са­мом ме­сте, где ее впер­вые на­шли. На ме­сте яв­ле­ния чу­до­твор­ной ико­ны по­стро­и­ли ча­сов­ню, во­круг ко­то­рой по­сте­пен­но об­ра­зо­вал­ся скит.

С бла­го­сло­ве­ния свя­ти­те­ля Ио­ны, мит­ро­по­ли­та Яро­слав­ско­го и Ро­стов­ско­го, в 1662 го­ду на ме­сте ча­сов­ни был по­стро­ен де­ре­вян­ный храм в честь Рож­де­ства Пре­свя­той Бо­го­ро­ди­цы. В 1758 го­ду вме­сто де­ре­вян­но­го был по­стро­ен ка­мен­ный храм, в ко­то­рый и пе­ре­нес­ли чу­до­твор­ный об­раз. С 1766 го­да Иса­а­ко­ва пу­стынь бы­ла при­чис­ле­на к за­штат­ным мо­на­сты­рям, а Иса­а­ков­ская ико­на Бо­жи­ей Ма­те­ри крест­ны­ми хо­да­ми пе­ре­но­си­лась в хра­мы Во­ло­год­ской и Яро­слав­ской епар­хий.

В июне 1900 года монастырь стал женским, в нем проживали 107 мoнaхинь. В годы советской власти обитель была закрыта, а в ее главном храме разместились контора совхоза и клyб.
В 2006 году администрация Первомайского муниципального района приняла решение о передаче обители в ведение Ярославской епархии Русской Православной Церкви для восстановления. В настоящее время монастырь функционирует как архиерейское подворье. К 2013 году в братском корпусе монастыря был освящен домовый храм во имя Серафима Саровского. В 2016 году специально для обители была написана икона Рождества Пресвятой Богородицы, которая была доставлена в монастырь с крестным ходом. В день перенесения мощей Иоанна Златоуста 9 февраля 2019 года епископ Рыбинский и Даниловский Вениамин (Лихоманов) освятил колокола новой звонницы обители.

В настоящее время монастырь функционирует как архиерейское подворье Исакова Рождество-Богородицкая пустынь в котором и пребывает чудотворная икона.